Στη μακρόχρονη πορεία της, η Φιλοδασική Ένωση Αθηνών έχει τιμηθεί επανειλημμένα για το έργο της:
1947: Η Ακαδημία Αθηνών απονέμει βραβείο στη Φ.Ε.Α αναφέροντας ότι «κατέβαλεν εξαιρέτους προσπαθείας προς εξεύρεσιν πόρων και ούτω κατώρθωσε να παραγάγη εκ του φυτωρίου Καισαριανής το πρώτον μέν 60.000 δενδρυλλίων, νύν δε 200.000, τά οποία και φυτεύει εις την περιοχήν εκείνην του Υμηττού, την ερημωθείσαν κατά την κατοχήν».
1976: Η Ακαδημία Αθηνών βραβεύει και πάλι τη Φ.Ε.Α., της απονέμει το Αργυρούν Μετάλλιον υπογραμμίζοντας το έργο της στη δενδροφύτευση του Λυκαβηττού, στη δημιουργία του δάσους της Καισαριανής, αλλά και στην αναστήλωση και τη συντήρηση της Μονής Καισαριανής.
1994: Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή τιμά τη Φ.Ε.Α., διακρίνοντας ως «Ιστορικό Κήπο της Ευρώπης» τον χώρο που περιβάλλει τη Μονή Καισαριανής, με τον ελαιώνα, τα φυτώρια, τον βοτανικό κήπο, τις πλατείες και τα διάσπαρτα μνημεία.
1997: Το Ίδρυμα Henry Ford απονέμει τον λευκό πορσελάνινο αετό, τιμητικό δίπλωμα και χρηματικό έπαθλο για «το πρόγραμμα ανάπτυξης και λειτουργίας εκπαιδευτικού βοτανικού πάρκου στις παρυφές του Υμηττού» αλλά και για τη δημιουργία του «μοναδικού αισθητικού δάσους που η Φ.Ε.Α έχει δημιουργήσει γύρω από το Βυζαντινό Μοναστήρι της Καισαριανής».
2007: η Ελληνική Εταιρία Προστασίας της Φύσης απονέμει στη Φ.Ε.Α. το βραβείο «Βύρων Αντίπας» για το μακρόχρονο έργο της, εξαίροντας τη σημασία της δημιουργίας και συντήρησης του Αισθητικού Δάσους του Υμηττού.